近紅外染料作為新一代的長波長染料，代表了這一領域的重大突破?，F有商業化的近紅外染料，由于染料的過分聚集以及穩定性差，因而受制于熒光亮度有限的問題。得益于科研人員采用的創新型分子工程學技術，克服了上述問題，從而比其他競爭產品具備了關鍵性的優勢：近紅外CF染料熒光強度*并且非常穩定。例如，亮度高至可以在633nm處激發(即在吸收峰值的肩部激發)，而此時在770nm左右的熒光發射強度仍然高于基于APC的串聯染料。因此，近紅外染料特別適合于流式細胞儀的各種應用，從而可以避免串聯染料穩定性等帶來的問題。
 

　　近紅外染料能有效解決可見光區熒光檢測的信噪比瓶頸限制，因為在近紅外激發下，可以較大程度的降低背景，為方便而靈敏準確地檢測多種分析物提供了機會。然而，直接的近紅外可視化檢測暫未實現，因為肉眼難以觀測到700nm以后的光。因此開發有效策略，將近紅外響應信號轉化為不需要儀器而直接裸眼可見的輸出信號，實現近紅外可視化檢測具有重要意義和挑戰。
 

　　近紅外染料用于生物成像時，除了具有近紅外吸收/發射波長、還熒光具有良好的水溶性和較低的生物毒性，特異的組織或細胞靶向性以及良好的細胞穿透性等，從而達到更安全、靈敏的熒光成像目的。為了提高近紅外染料的水溶性和生物相容性和較低的生物毒性，可以將一種高分子聚合物材料-聚乙二醇(PEG)修飾到熒光染料上，常見的有CY3-PEG-MAL,Cy5-PEG-NH2,RhodamineB-PEG-NHS,CY7-PEG-COOH等等，經過PEG修飾后的熒光染料還具有較長時間的體內循環。
 

　　近紅外染料鏈接PEG再鏈接二棕櫚酰磷脂酰乙醇胺，可以作為靶向材料作用于腫瘤。